Sebuah tim yang terdiri dari tiga gadis penyihir yang dikenal sebagai Tres Magia melindungi kota tempat tinggal Utena Hiiragi. Seperti banyak orang lainnya, Utena menyukai gadis penyihir yang dengan gagah berani bertarung demi keadilan. Suatu hari, karakter maskot hitam misterius muncul di hadapan Utena dan memberinya kesempatan seumur hidup: kesempatan untuk berubah menjadi gadis penyihir.
Namun, tawaran tersebut tidak seperti yang terlihat, karena Utena telah direkrut oleh sebuah organisasi jahat untuk melawan gadis penyihir yang selalu dia kagumi. Utena kemudian dipaksa menghadapi Tres Magia dalam pertempuran; tapi bukannya merasa menyesal, dia tiba-tiba menemukan kesenangan dalam menimbulkan rasa sakit pada gadis penyihir. Sepenuhnya menyerah pada keinginannya, Utena menerima perannya sebagai penjahat, perlahan-lahan mengubah kecintaannya pada gadis penyihir menjadi obsesi sadis baru.
