Pada tahun 2008, pemerintah Jepang mulai memburu orang-orang yang diidentifikasi sebagai otaku dalam upaya melindungi budaya negaranya. Hanya dalam satu minggu, lembaga penegak hukum yang dikenal sebagai SSC menangkap hampir setiap otaku dengan paksa dan menyita memorabilia mereka. Seorang pria penuh semangat yang menyebut dirinya Pahlawan Otaku menolak mengizinkan lembaga ini melakukan apa pun yang mereka inginkan: dia membentuk pasukan perlawanan yang terdiri dari para geek pengungsi lainnya yang bersatu untuk membantu mempertahankan budaya mereka.
Tiga tahun kemudian, api pemberontakan mereda karena semua harapan tampaknya hilang bagi para otaku. Didorong oleh sekutunya—gadis penyihir Anarki—Pahlawan Otaku memerintahkan perlawanan dalam upaya menyatukan kembali Anarki dengan dua gadis penyihir lainnya: Biru dan Merah Muda. Dengan menggabungkan kekuatan trio ini, perlawanan mungkin mampu mengalahkan SSC dan menyelamatkan budaya otaku untuk semua orang.
