Shin Hazama telah menutup hatinya sejak kematian ibunya yang misterius dan mendadak di masa kecilnya. Karena ayah ilmuwannya sibuk dengan penelitian, dia hanya bisa mengandalkan teman masa kecilnya, Kotori Izumi, putri majikan ayahnya yang populer dan baik hati. Di akhir tahun ketiga sekolah menengah mereka dan kelulusan sudah dekat, Shin dan Kotori akhirnya mulai bergerak maju bersama, baik dalam kehidupan maupun cinta.
Semuanya berantakan lagi saat ayah Shin juga tiba-tiba meninggal. Namun sebelum segalanya menjadi tenang, dia dan Kotori mengetahui rahasia di balik kematian mendadak orang tuanya saat mereka bertemu dengan agen dari dystopian Jepang berteknologi tinggi yang ada di alam semesta paralel. Di antara mereka adalah Jin, “diri relatif” Shin, yang bekerja melawan senjata humanoid Miko dan Niko. Ketika kehidupan dari diri yang relatif saling terkait, Jin memiliki dua tujuan: membela Shin yang rentan untuk melindungi kehidupan mereka, dan membunuh Kotori untuk mengakhiri aturan ketat dari diri relatifnya, Putri Kotoko—musuh bebuyutannya dan pembunuh orang tuanya. Dihadapkan pada kenyataan baru ini, Shin dan Kotori harus dengan jujur menghadapi perasaan mereka terhadap satu sama lain, meskipun dunia yang mereka tahu akan berakhir besok.
