Tiga tahun setelah perang, Mahito Maki kehilangan ibunya dalam kebakaran tragis di rumah sakit. Tak lama kemudian, ayahnya menikah dengan Natsuko, adik perempuan ibu Mahito. Mereka membawa Mahito keluar dari Tokyo untuk mencari perlindungan di rumah keluarga pedesaan mendiang ibunya. Di sana, Mahito terus-menerus diejek oleh seekor bangau abu-abu aneh, yang tampaknya tertarik padanya.
Tidak dapat menerima kehilangannya dan berjuang untuk menyesuaikan diri dengan kehidupan baru di tempat asing, anak laki-laki tersebut terkejut saat mengetahui bahwa Natsuko sedang hamil. Lebih buruk lagi, bangau sial itu dapat berbicara—dan mengklaim bahwa ibu Mahito masih hidup. Membujuknya ke menara misterius dekat kediaman, bangau mengatakan bahwa Mahito dapat menyelamatkannya dari kematian, namun anak laki-laki itu tidak mudah terpengaruh.
Namun, ketika Natsuko menghilang suatu hari, Mahito memperhatikannya berjalan ke menara dan terpaksa masuk untuk menyelamatkannya. Dia segera menemukan dirinya jatuh ke dunia lain di bawahnya, di mana kehidupan dan kematian tampaknya saling terkait. Saat dia menjelajahi dunia asing ini untuk menemukan Natsuko, Mahito harus memahami apa artinya hidup jika dia ingin kembali ke rumah dengan selamat.
