Pada tahun 2113, Kementerian Luar Negeri (MFA) membubarkan unit paramiliter rahasia mereka yang dikenal sebagai Pemecah Perdamaian. Namun, pasukan tersebut menghilang, dan aktivitas mereka tetap menjadi misteri. Lima tahun kemudian, para Pemecah Perdamaian muncul kembali ketika mereka membunuh Milcia Stronskaya, seorang ilmuwan yang memiliki dokumen rahasia yang penting bagi masa depan Sistem Sybil—struktur pengawasan Jepang yang mendeteksi potensi penjahat di masyarakat.
Untuk menyelidiki insiden tersebut dan mempersiapkan bentrokan melawan Pemecah Perdamaian melalui koordinasi dengan MFA, kepala Biro Keamanan Publik memutuskan untuk merekrut mantan Penegak Hukum Shinya Kougami kembali ke dalam kepolisian. Setelah membelot bertahun-tahun yang lalu, Kougami saat ini bekerja untuk MFA di bawah komando Frederica Hanashiro. Kembalinya Kougami menciptakan ketegangan antara dia dan mantan rekannya Akane Tsunemori dan Nobuchika Ginoza, namun mereka harus mengesampingkan dendam masa lalu untuk fokus memastikan keamanan Sistem Sybil.
